Em 1997 teve um papel determinante na mobilização das mulheres para a eleição de Mohammad Khatami, para presidente. Embora tenha sido apoiante de Khatami, nunca deixou de criticar fortemente o seu governo. Mantem o respeito dos reformistas, mas é ferozmente odiada pelos conservadores que vêem nela uma séria ameaça ao sistema islâmico.
Shirin Ebadi foi a representante legal de Ezzat Ebrahim-Nejad, a única vítima mortal dos protestos estudantis de 1999. No decorrer do processo, Ebadi foi acusada de divulgar uma fita de vídeo com a confissão do autor do crime. Como conseqüência, a sua licença de advogada foi revogada durante alguns meses.
Shirin Ebadi representou a mãe de Zahra Kazemi, uma fotojornalista iraniano-canadense que morreu numa prisão no Irã.
Shirin Ebadi também ajudou à criação da lei contra o abuso físico de crianças, que foi aprovada pelo parlamento iraniano em 2002, e fundou duas organizações não-governamentais: a Sociedade para a Proteção dos Direitos das Crianças e o Centro dos Defensores dos Direitos Humanos.
Dedica a sua vida à conciliação do Islã com os Direitos Fundamentais, publicando inúmeros livros sobre essa temática. Defende o estatuto da mulher e da criança, contra uma sociedade patriarcal que ainda hoje consagra no seu Código Penal a criança como sendo "propriedade do pai ou da família paterna". Criou a "Associação de Apoio para os Direitos de Crianças" e luta pela mudança das leis de divórcio e herança no país, as quais discriminam fortemente as mulheres.
Investigou uma série de mortes de intelectuais em 1998-99 e denunciou os incidentes na universidade da capital em 1999 que provocaram várias mortes. Na barra dos tribunais, tem assumido a defesa de dissidentes e liberais perseguidos pelos conservadores. Foi presa por duas vezes.
Em 10 de outubro de 2003, o Comitê Nobel considerou-a uma "pessoa corajosa" e atribuiu-lhe o Nobel da Paz pelos seus esforços corajosos em prol da democracia e dos direitos humanos, especialmente direitos das mulheres e das crianças.
Tornava-se portanto a primeira mulher muçulmana e primeira personalidade iraniana a obter a distinção de um Prêmio Nobel.
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O Comitê Nobel prestou homenagem a Shirin Ebadi por sua coragem em 2003 |
Shirin Ebadi estava em Paris, a caminho do aeroporto, quando recebeu a notícia da atribuição do prêmio. Interrogada pelos jornalistas quis frisar que, como ativista dos direitos humanos, "o combate pelos direitos humanos é travado em cada país pelo seu povo, e tal é o caso do Irã, e nós somos contra toda a intervenção estrangeira no Irã."
No Irã, o governo da República Islâmica reagiu com silêncio ou de forma crítica, considerando que se tratava de um ato de uma instituição pró-ocidental; o fato da Sra. Ebadi não ter usado um véu durante a cerimônia de entrega do prêmio também mereceu críticas. A agência oficial iraniana,IRNA, mencionou o evento apenas com algumas linhas, e os jornais estatais iranianos aguardaram várias horas antes de divulgar o evento.
Desde que recebeu o prêmio, Shirin Ebadi tem viajado por diversos países estrangeiros, dando conferências e recebido homenagens, publicando documentos e defendendo pessoas acusadas de crimes políticos no Irã.
Em abril de 2008, Shirin Ebadi declarou à agência Reuters que o respeito pelos Direitos Humanos no Irã tinha regredido nos últimos dois anos e aceitou defender os dirigentes Bahá'ís presos no Irã em 2008.
Nesse mesmo mês, Ebadi publicou uma declaração onde afirmava: "As ameaças contra a minha vida e segurança da minha família, que se iniciaram há algum tempo, intensificaram-se"; acrescentou que as ameaças advertiam-na a não fazer discursos no exterior e a não defender os membros da comunidade Bahá'í.
Em agosto de 2008, a agência IRNA publicou um artigo em que atacava Ebadi, insinuando sobre as suas ligações à Fé Bahá'í e acusando-a de procurar apoios no Ocidente. Uma das suas filhas, Nargess Tavassolian, também foi acusada de se converter à religião Bahá'í, um crime que no Irã é punido com a pena de morte.
Em dezembro de 2008, um grupo de manifestantes atacou a sua casa, gritando slogans e pintando insultos nas paredes; no final desse mês, a polícia iraniana fechou o escritório do Centro dos Defensores dos Direitos Humanos. Na ocasião a organização Human Rights Watch afirmou estar "extremamente preocupada" com a segurança de Shirin Ebadi.